Berangkat dari pengalaman sebagai pemimpin religius, dua sahabat, K.H. Abdurrahman Wahid (Gus Dur) dan Tjahjadi Nugroho menyadari bahwa berbagai masalah di masyarakat tak bisa diselesaikan melalui solusi-solusi superfisial.

Dibutuhkan kajian mendalam untuk membongkar akar permasalahan, serta edukasi efektif untuk masyarakat agar tercipta situasi ideal yaitu keadilan sosial. .

​

Pada tahun 2000, Gus Dur dan Tjahjadi Nugroho menggagas "Sekolah Tinggi Agama dan Filsafat Pancasila" sebagai wadah kajian dan edukasi lintas agama. Sayangnya, sebelum rencana besar itu terwujud, Gus Dur lengser sebagai Presiden ke-4 Republik Indonesia.

​

Meski demikian, gagasan itu tidak padam. Ein Institute didirikan untuk mewujudkan mimpi luhur tersebut: masyarakat yang hidup bermartabat berdasarkan nurani dan kemanusiaan.